Установление родственных связей между вирусами
В настоящее время важнейшим способом установления родственных связей между вирусами является сравнение инфраструктур геномов (состав, нуклеотидная последовательность и взаимное расположение генов). В качестве маркерных генов или их продуктов в первую очередь используются гены репликаз и транскриптаз, а также гены белков капсида. Недостаток этого подхода заключается в том, что эволюционная история отдельного гена не обязательно должна отражать (или вообще не отражает) эволюционную историю вируса.
Филогенетическая таксономия вирусов испытывает особые трудности в случае РНК-содержащих вирусов с регулярно рекомбинирующими «модульными» геномами. Напротив, крупные вирусы, содержащие dsflHK (в частности, герпесвирусы), долго эволюционировали совместно со своими хозяевами и поэтому высоко консервативны. Определение для вида у вирусов. Биологический вид — это общепринятая категория, обозначающая нижний уровень таксономического объединения живых существ. Концепция вида, в случае животных и растений, использует такие критерии, как общий пул генов и репродуктивная изоляция. По классической формулировке, которую в 1969 г. предложил американский зоолог Эрнст Майр (Е. Мауг), Вид у размножающихся поповым путем макроорганизмов — Это группа инбредных природных популяций, Репродуктивно изолированная от других аналогичных групп. Иными словами, это надпопуляционная система, генетически изолированная и занимающая отдельный ареал. В отличие от высших ядерных организмов, большинство микроорганизмов (в частности, все прокариоты) размножается только вегетативным способом и не замыкается внутри ареала. Из-за отсутствия полового размножения, а также по причине горизонтального переноса генов между неродственными объектами из определения вида у прокариотов исключен классический критерий репродуктивной изоляции. В то же время ведущим критерием стал комплекс фенотипических и генотипических признаков, на основе которых взаимно родственные особи распознаются как отдельная группа.