Геномная нуклеиновая кислота

Геномная нуклеиновая кислота представляет собой линейную молекулу скДНК либо с концевыми инвертированными повторами (благодаря чему она может переходить в кольцевую форму, как у вируса EsV, и даже реплицироваться, как кольцевая ДНК в случае вируса EhV), либо с концевыми ковалентно замкнутыми шпильками (как у вируса PBCV). Строение генома. Геном фиковирусов относительно большого размера, близко к минимальному размеру бактериального генома. В то же время он очень компактный (средний размер гена 900-1000 п. н.), в нем имеются повторы, позволяющие осуществлять рекомбинацию как между разными вирусами, так и между ДНК вируса и хозяйской ДНК. Гены равномерно распределены по обеим нитям ДНК.

Геномы большинства фиковирусов кодируют несколько тРНК, от репертуара которых зависит частота используемых кодонов. В геноме вируса PBCV имеются гены ДНК — полимеразы, РНК-полимеразы, ДНК-лигазы, геликаз, топоизомераз и рестриктаз/метилтрансфераз. Около 25% метилтрансфераз имеют «парные» (англ, cognate) эндону — клеазы-рестриктазы; ранее считали, что эти ферменты существуют только у бактерий. Гены фиковирусов содержат нитроны, удаляемые посредством автосплайсинга или с помощью сплайсосом водоросли. В свою очередь, белки фиковирусов содержат интеины — автокаталитически вырезаемые участки полипептидных цепей. Разнообразие белков, которые закодированы в геноме фиковирусов, исключительно велико. Многие из них являются самыми маленькими среди своих гомологов. Цикл размножения. У некоторых фиковирусов хорошо изучены жизненные циклы, в частности онтогенез вируса PBCV, размножающегося в «зоохлореллах», т. е. в хлореллах-эндосимбионтах инфузории Paramecium bursaria (рис. 57). Долгое время было неизвестно, как ведет себя этот вирус вне хозяина, однако недавно было выяснено, что он прикрепляется к рецепторам на мембране парамеции и дожидается выхода хлореллы из инфузории. Когда хлорелла оказывается в окружающей среде (например, в случае гибели инфузории), вирус связывается с клеточной стенкой водоросли и локально разрушает ее своими ферментами.