Строение генома

Размер генома геминивирусов составляет 4,8-5,6 тыс. н.; это пример одного из самых маленьких вирусных геномов, еще способных к самостоятельной репликации. Геномная нуклеиновая кислота представляет собой кольцевую ssflHK. Геном сегментирован (сегменты А и В имеют одинаковый размер, но содержат разное число ORF) и может быть как монопартитным, так и бипартитным. У бипартитных представителей рода Begomovirus разные сегменты генома упаковываются в отдельные капсиды. Цикл размножения. Геминивирусы размножаются в ядре, чаще всего в клетках флоэмы. Геномная ДНК реплицируется с помощью механизма «катящееся кольцо». Вирусный инициаторный белок Rep (320-400 а. о.) связывается с сайтом Ori, который имеет сходный размер у всех известных геминивирусов (200 н.) и содержит прямые 5-нуклеотидные повторы-итероны (англ, iteron; от лат. iteratio — повторение и греч. ontos — сущее; Нечто повторяющееся). В результате этого за счет участков комплементарное в сайте Ori образуется шпилька, на вершине которой белок Rep наносит разрез. Поскольку репликация зависит от клеточных полимераз, размножение геминивирусов происходит преимущественно в фазе синтеза клеточной ДНК (S-фазе), и белок Rep ускоряет ее наступление.

Первым репликативным интермедиатом является скДНК. Регуляция смены репликативных форм очень похожа на таковую у бактериофагов семейства Inoviridae. При транскрипции бипартитных геномов у наиболее изученных, благодаря своему экономическому значению, представителей рода Begomovirus в качестве матрицы используются сегменты А и В репликативного интермедиата ДНК(-). Они содержат разное число ORF, причем транскрибироваться может как плюс-нить, так и минус — нить. Таким образом, ДНК бегомовирусов может рассматриваться как «двусмысленная»; подобная стратегия кодирования позволяет разместить максимальное число ORF на небольшом участке геномной молекулы, а также регулировать последовательность их экспрессии. Пять ORF сегмента А кодируют белок капсида и белки, участвующие в репликации. Белок Rep считывается с минус-нити после того, как появляется ds-интермедиат; тем самым обеспечивается своевременный переход от сЬДНК к ssflHK. Белки, закодированные в сегменте В, необходимы для дальнего транспорта, а также определяют круг хозяев.