Транскрипция вирусных белков

Транскрипция вирусных белков осуществляется только с репликативного интермедиата RF I и лишь в одном направлении. Она происходит с разной эффективностью: преимущественно транскрибируются ген 8 (кодирует основной структурный белок) и ген 4 (кодирует морфогенетический белок).

Использование репликативного интермедиата RF II начинается с того, что эндонуклеаза g2p делает ss-разрез в ds-интермедиате. По завершении копирования плюс — нити этот фермент отрезает от реплики полноразмерную копию генома и лигирует ее концы. Затем бактериальные ферменты восстанавливают ds-статус ДНК, благодаря чему увеличивается количество репликативных интермедиатов RF I, служащих матрицей и для репликации, и для транскрипции вирусного генома. За начало упаковки отвечает белок g5p. Он выполняет роль SSB-белка (сокр. от англ, single strand binding — связывающийся с одиночной нитью), а также предотвращает появление новых RF. К этому моменту белок g8p уже в основном встроен в цитоплазматическую мембрану, к внутренней стороне которой присоединяются белки g7p и g9p, распознающие Рас-Сайт. Геномная ДНК бактериофага проходит через канал, образованный мультимерными комплексами белков glp-gllp (в цитоплазматической мембране) и белка g4p (в наружной мембране). По мере прохождения ДНК через цитоплазматическую мембрану 1500 копий белка g5p замещаются 2700 копиями белка g8p. Свободный белок g5p остается в цитоплазме, где он участвует в упаковке следующей молекулы ДНК. У бактериофага М13 отсутствуют специализированные сайты и белки терминации упаковки, поэтому размер его генома соответствует вместительности капсида. После полного замещения белка g5p белком g8p к концу вирусной частицы прикрепляются белки g3p и g6p. По завершении инфекционного цикла во внешнюю среду выходит до 1000 вирионов; при этом клетка не разрушается, хотя рост культуры заторможен. Благодаря особенностям организации и упаковки генома фаг М13 широко используется в качестве генетического вектора. В межгенные спейсеры можно встраивать чужие последовательности, которые даже при существенном увеличении размера генома не влияют на его копирование и упаковку. Кроме того, вирусная ДНК практически не содержит взаимно комплементарных участков и находится в ss-форме, что технически упрощает секвенирование. Наконец, благодаря хронической инфекции можно добиться высокого урожая фаговых частиц.