Репликация и упаковка геномной РНК

Репликация и упаковка геномной РНК исключительно специфичны (последняя безошибочно выбирается из множества типов РНК, присутствующих в клетке); они чаще всего регулируются не на уровне первичных последовательностей, а на уровне вторичных структур (петель, тРНК-подобных шпилек и псевдоузлов), которые способны взаимодействовать только с вирусными ферментами и структурными белками.

Репликация РНК(+)-геномов. В отличие от ДНК-полимераз, РНК-полимеразы не нуждаются в РНК-праймировании и не сталкиваются с проблемой репликации концов геномной молекулы. Соответственно большинство РНК-геномов вирусов линейны. Помимо РНК-полимеразы в процессе репликации участвует геликаза, которая необходима для предотвращения внутримолекулярного спаривания оснований в ходе синтеза РНК. Хозяйские белки играют существенную роль в репликации РНК — содержащих вирусов, будучи частью полимеразного комплекса. Во всех случаях, когда проводились специальные исследования, показано, что полимеразный комплекс фитовирусов связан с внутренними мембранами клетки; заякоривание репликазного аппарата обеспечивают как клеточные, так и вирусные белки. Изменчивость РНК-геномов. В отличие от ДНК-зависимых ДНК-полимераз, РНК-зависимые РНК-полимеразы не способны к автокоррекции. В результате частота возникновения ошибок оказывается на несколько порядков выше, чем при репликации ДНК. Поскольку число ошибок пропорционально размеру генома, последний в ходе эволюции закономерно сокращался и не превышает 5-15 тыс. н. Благодаря накоплению неисправленных ошибок (случайных мутаций) популяции РНК — содержащих вирусов генетически неоднородны, что способствует конкурентному отбору в ходе адаптации к окружающей среде.