Хроническая инфекция на уровне клетки
Хроническая инфекция на уровне клетки характерна для представителей семейства Paramyxoviridae — вирусов кори, морбиливирусов морских млекопитающих, респираторно-синцитиального вируса и вируса чумы плотоядных. В данном случае рибонуклеопротеиновые комплексы вирусного потомства инфицируют соседние клетки, проникая в них через поры, образованные вирусным белком слияния (англ, fusion protein). Такие комплексы лишены матриксного белка и липопротеиновой оболочки — основных мишеней клеток иммунной системы. Использование данной стратегии позволяет вирусу уклониться от иммунного ответа хозяина. Параллельно с хронической часть клеток поддерживает продуктивную инфекцию. Если же организму животного удается перебороть инфекцию, она становится абортивной (вирус, в конце концов, элиминируется), и формируется стойкий иммунный ответ. Патентная инфекция на уровне клетки происходит, когда в клетке присутствует вирусный геном, однако он отчетливо не экспрессируется, и сколько-нибудь заметное ЦПД не наблюдается. При латентной инфекции могут синтезироваться некоторые вирусные РНК и белки, однако сборка вирионов не происходит. Примером может служить инфекция клеток нервных ганглиев вирусом простого герпеса, а также инфекция Т-лимфоцитов вирусом ВИЧ. При некоторых условиях латентная инфекция может активироваться и переходить в продуктивную с образованием вирусных частиц. Аналогом латентной инфекции является лизогенная и псевдоли — зогенная инфекция у бактериофагов (см. раздел 2.3). Однако способность вируса вызывать латентную инфекцию не всегда связана с интеграцией его генома в клеточную хромосому. В частности, геном вируса простого герпеса не встраивается в геном клетки-хозяина, а присутствует в ядре в виде эписомы — замкнутой в кольцо dsflHK. Напротив, геном ретровирусов (в том числе, вируса ВИЧ) включается в клеточный геном.