ДНК-изгибающие белки
Чтобы интеграза могла взаимодействовать с взаимно дистанцированными областями субстрата, используются вспомогательные белки, которые образуют на молекуле ДНК сайтспецифичный изгиб. При эксцизии эту роль выполняет фаговый белок Xis; когда его мало, используется хозяйский белок Fis (сокр. от англ, factor for inversion stimulation). Третий ДНК-изгибающий белок, IHF (сокр. от англ, integration host factor; Название объясняется тем, что этот белок имеет отношение к интегративной рекомбинации фага лямбда в хромосому хозяина) участвует и в интеграции, и в эксцизии. Он состоит из двух субъединиц — IHFa (10,5 кДа; ген ЫтА) и IHFP Незаконная рекомбинация. Термин «незаконная рекомбинация» (англ, illegitimate recombination) используется по отношению к рекомбинационным событиям, в которых участвуют негомологичные области одной и той же молекулы ДНК или негомологичная пара ДНК-донор/ДНК-реципиент. Иными словами, он применяется по отношению к разным явлениям, формально объединенным по негативному признаку — отсутствию сходства между обменивающимися участками (поэтому такой тип рекомбинации правильнее было бы назвать негомологической). Наиболее изучена незаконная рекомбинация при транспозиции мобильных элементов. Тем не менее незаконной (что, конечно, может привести к путанице) иногда называют такую рекомбинацию, которая затрагивает взаимно сходные последовательности. В частности, такая рекомбинация происходит при эксцизии фага лямбда, когда внутренняя (т. е. расположенная между Att-cАйтами) последовательность профага обменивается с последовательностью бактериальной ДНК, удаленной от одного из сайтов присоединения. Обмен осуществляется с помощью рекомбиназы RecA и определяется случайной гомологией между короткими последовательностями вирусной и бактериальной ДНК. В результате такой рекомбинации образуются дефектные вирусные частицы, поскольку фрагмент вирусной ДНК замещается фрагментом бактериальной хромосомы и одного из rtff-сайтов. Благодаря тому, что часть бактериальных генов включается в состав вирусного репликона, они могут переноситься в реципиентную бактерию посредством трансдукции (см. раздел 2.4). При интеграции или из-за случайных постинтеграционных мутаций профаг может лишиться генов, способствующих эксцизии; в этом случае лизогения становится необратимой.